海瑞不再是传统叙事中完美的清官符号，而是一个将儒家道德理想推向极端、近乎偏执的‘道德理想主义者’，其刚直不阿背后，是与整个官僚系统乃至时代氛围的深刻悲剧性冲突。
嘉靖皇帝更非简单的‘昏君’标签所能概括，他是一个将帝王心术运用到极致、在权力巅峰品尝绝对孤独的顶级政治家，同时也是一个沉迷方术、寻求精神逃避的虚无主义者。
甚至严嵩、吕芳、杨金水等所谓‘反面’或‘灰色’人物，作者也并未进行简单的道德审判，而是深入其具体的政治处境、利益考量与人性弱点，揭示出制度与情境如何塑造并扭曲个体。
这种‘去道德化’的叙事立场，并非价值虚无，而是将伦理探究推向更深处——它追问在特定的历史结构中，个人的生存困境、选择之艰难以及行动的可能与局限。
这标志着我们的文学在理解‘人’的复杂性上，迈出了关键一步。
司齐用他的笔告诉我们：伟大的文学，不在于给出简单的道德答案，而在于呈现深刻的道德困境。”
然而，盛赞之外，尖锐甚至严厉的批评接踵而至，形成了鲜明的对立格局。
中国社会科学院文学研究所研究员钱中文在《人民文学》评论版发文：《历史关怀与现实缺席——评<大明王朝1566>的“人民性”疑问》
钱中文的批评立足于传统的社会主义现实主义理论框架，质疑其时代关联性：
“不可否认，《大明王朝1566》在历史考据、叙事技巧和人物深度上达到了很高水准。
但我们必须追问：在二十世纪九十年代的今天，在改革开放深入推进、社会经历深刻转型的时代背景下，这样一部将全部精力用于描绘四百年前封建王朝最高层政治斗争的作品，其现实的关怀在哪里？
与广大人民群众的生活与情感联系在哪里？
小说将镜头完全对准紫禁城与官场，对当时广大农民、手工业者在沉重赋税与政策变动下的真实生存状态，仅有侧面、模糊的呈现。
‘改稻为桑’关乎民生疾苦，但叙述焦点始终是官场的博弈，而非桑农的悲欢。
这使人不得不质疑，这部精心构筑的‘庙堂史诗’，是否在某种程度上陷入了对权力游戏本身的美学沉迷，而远离了历史唯物主义强调的、推动历史的根本性人民力量？
司齐展示了高超的‘术’，但文学的‘道’，是否更应包含对历史中沉默的大多数的深切体察与代言？
当文学过度聚焦于权谋与心术的精妙刻画时，是否会不自觉地削弱了对不合理的制度本身的批判力度，乃至带来某种历史宿命论的悲观气息？
这是值得作者与读者共同深思的问题。”
燕京大学教授董学文在《燕京大学学报（哲学社会科学版）》发表长文：《历史景观中的价值迷雾——析<大明王朝1566>的叙事伦理与潜在虚无主义倾向》
董学文的批评更为尖锐，直指其价值观与历史观：
“《大明王朝1566》在摆脱简单二元对立、挖掘人性复杂方面确有贡献。
然而，其叙事伦理呈现出的某种‘价值悬置’或‘过度中立’倾向，却可能导致危险的认知误区。
作者以近乎自然主义的笔法，描绘了一幅全员困境、无人解脱的灰色历史图景。
无论是试图改革的清流，还是贪墨固化的严党，乃至最高统治者嘉靖，所有人都被描绘为历史棋局中身不由己的棋子，在体制的泥沼中无力挣脱。
海瑞的正面抗争被凸显其偏执与孤独，嘉靖的权谋被赋予某种‘智慧’的光环，而对严嵩等人，则过多强调其‘不得已’与‘苦衷’。
这种对历史人物‘理解之同情’若不加辨析地过度延伸，便模糊了是非善恶的基本界限，消解了历史进步应有的价值评判。
特别是小说中通过嘉靖之口阐述的‘长江黄河论’，将清流与贪官等量齐观，视为帝王治理术中可供驱使的、无分清浊的‘工具’，这固然深刻揭示了某种权力逻辑的冰冷实质，但叙事者对此缺乏足够鲜明的批判性距离，容易使读者产生‘一切不过是权力游戏，并无本质区别’的认知，潜藏着历史虚无主义和价值相对主义的风险。
文学需要复杂性，但不能以复杂性之名，消解了正义、勇气、廉洁等永恒价值在历史中的光辉与意义。
在呈现‘一切皆合理’的历史逻辑时，不应忘记‘并非一切皆合情、皆合乎人类进步之公理’。这是历史题材创作需要警惕的深渊。”
中山大学教授李在明在《花城》评论版撰文：《一部文学杰作的传播困境：论<大明王朝1566>的文本封闭性》
李在明的评论则从文学传播与接受的角度提出批评：
“从纯文学的角度看，《大明王朝1566》无疑是一部厚重之作。
但其在艺术探索上取得的成就，某种程度上是以抬高了大众的阅读门槛、牺牲了部分可读性为代价的。
小说开篇节奏缓慢，信息密度极大，大量明代特定的官制、典章、政治术语构成理解屏障。
人物众多，关系错综，非历史爱好者难以迅速进入。
对话文白夹杂，充满机锋与隐喻，要求读者保持高度注意力与思考力。
叙事重心集中于高层政治博弈的心理与语言较量，缺乏通俗文学中常见的外部动作冲突与情感宣泄渠道。
这导致了一个悖论：一方面，专业读者和评论家盛赞其深刻与精妙；另一方面，普通读者，包括司齐原有的许多喜爱其故事性的忠实读者，却感到难以卒读、望而生畏。
司齐成功构建了一个精密的文学世界，却未能完全解决这个世界与当代普通读者之间的‘接入’问题。
我们肯定文学探索的先锋性，但也需思考：一部伟大的文学作品，是否应在追求思想深度的同时，也顾及叙事艺术的感染力与传播的广度？
《大明王朝1566》在攀登文学高峰的同时，是否也无形中筑起了一座象牙之塔？
这并非否定其价值，而是提请作者与评论界注意，在‘写什么’和‘怎么写’之外，‘为谁写’以及‘如何被接受’，同样是文学实践中不可回避的课题。”
这场在核心文学评论刊物上展开的论战，迅速超出了文学本身，触及了历史观、价值观、文学功能、创作方法与读者接受等根本性问题。
《大明王朝1566》已不仅仅是一部小说，它成了一个现象，一个靶子，一个引爆诸多当代文化思想争端的文学“事件”。
赞扬者视其为里程碑，批判者指其偏离方向。
双方争论激烈，莫衷一是。