第一级、最高统帅：宣抚使/宣慰使
这是石柱土司最高军事长官，由朝廷敕封、世袭传承。
同时掌控地方军政大权。就是土司本人担任。该职位必须经中央朝廷认可，属于正式的朝廷命官，而非地方自封。
第二级、核心高级将领：总旗/裨将
直属最高统帅，是统帅的亲属或心腹，负责统领主力部队：
总旗：为土司兵高级指挥官职，秦良玉的兄长秦邦屏、弟弟秦民屏都曾任总旗，援辽作战时二人就是以总旗的名义，率数千白杆兵作为先锋出征。
裨将：相当于副统帅/协统，秦良玉之子马祥麟、儿媳张凤仪都曾担任此职，协助秦良玉统领全军、分路领兵作战。此时，张凤仪的朝廷官职是三品参将，而在石柱军中，她和丈夫马祥麟都是裨将身份。
第三级、中级军官：土官/把总。土官把总同级。事实上是土家族和汉族的不同称谓。石柱军制是土汉双轨制，有点像满清的六部内的满汉双尚书。
是连接高层与基层的关键指挥层级，相当校级军官。负责具体营哨管理：
土官：一般由土司家族旁支、地方大土目担任，每一个土官统领数百到上千士兵，负责日常训练和战时带队。常见的是管理一营五百人。海木就是土官。
把总：是吸收明代卫所军制设置的中级官职，负责管理固定编制（一般约100-200人）的士兵，多为作战经验丰富的老将担任，秦良玉麾下秦翼明、秦拱明等侄子辈将领都曾任把总。
把总相当于现代加强连的连长。
第四级、基层军官：土目/哨长
这一层级是最基层的带兵头领，直接管理士兵：
土目：是石柱基层村寨的世袭小头人，平时管理地方民政，战时就地召集本寨壮丁，担任基层带队军官，职位世袭，但绝大多数土目姓名未载入史册。土目的兵是征发兵。
哨长：对应作战编制，每哨约50名士兵，设哨长一名，负责日常整训、战时执行具体战术指令，一般从作战勇猛的士兵中提拔，战后多可晋升。哨长的兵多为招募。属于雇佣兵。
张凤仪带的这六营兵都是石柱兵，所以也是这套军制。
“全体都出发，不得发出声音，不得说话。直奔贼人的河东大营，到了就顺风放火，一直冲到浮桥，把浮桥烧了。”张凤仪说道。
“得令”六个营主低声道，然后一挥手，六股队伍全体向着一里地外的敌营冲去。