进入模拟训练程序之后，出现在碇真嗣眼前的，是第三新东京市。
与使徒的战斗，可以预料的是发生在这片土地上的，很早之前，NERV就已经完成了对于这座城市的立体建模，应用到了驾驶员的模拟训练当中，这样做可以保证驾驶员的对于地形的掌握。
某些游戏玩多了，哪怕是第一次出国，玩家也能表现出对某一地域的熟悉，因为这地方他们在游戏中来过几百次了，连楼梯台阶有几节都有可能掌握得一清二楚。
从行走开始，碇真嗣开始在葛城美里与赤木律子的引导下，碇真嗣开始一点点地掌握着初号机的机能。
每每在一方面取得成果，哪怕只是稳稳地迈出第一步，就能引来其他人的欢呼声，那些欢呼声通过通讯频道传递到碇真嗣的耳中，让碇真嗣获得了一种成就感。
他被人肯定了。
从蹒跚学步到正常地行走，碇真嗣用了很长时间才完成，但是对于NERV的人来说，这简直就是惊喜中的惊喜。
很多人质疑碇真嗣那适格者的身份，是否是因为碇司令的关系，这一下全理解了。
原本NERV的人以为这一次只需要成功地启动初号机就可以了，却没想到，实验格外地顺利，甚至直接进入到了驾驶员的训练阶段。
最开始，碇真嗣只需要让初号机动起来就可以了，之后的格斗、冷兵器使用，射击等训练，还是慢慢来的，零号机的驾驶员可是训练了八个月才算合格的。
等到一个阶段的训练结束，碇真嗣被从初号机的插入栓中放出，医疗班组急忙上前，把碇真嗣按到了担架上，把他抬到了医疗室——虽然碇真嗣说他的身体很好，但是这是必要的身体检查。
而躺在病床上，碇真嗣回忆着坐上EVA的感觉，那是一种很奇妙的感觉。
EVA是活的，他又一次产生了这样的感觉，但是，他与初号机产生精神上的联系之后，他竟然感觉到了一阵温暖，那勾起了他很久之前的记忆，仿佛是被自己的妈妈抱着一样。
不知不觉间，碇真嗣已经泪流满面了。
“为什么要哭呢？”碇真嗣摸了一把自己的眼泪，开始询问着自己，为什么要流泪。
另一边，初号机的启动实验相关数据，全部被打包发给了远在他处的碇源堂，负责这项工作的是留守着的冬月副司令，在实验的过程中，他虽然没有露面，但是却透过监视器一直观察着所有的行动，除了眨眼之外就没有离开过。
碇源堂之所以放心地离开，就是因为冬月副司令这个值得信赖的人在这里。
“你的儿子表现非常优秀。”冬月副司令对着视频通话中的碇源堂说到：“毕竟，他可是碇唯的孩子。”
初号机里存在着碇唯的灵魂，这是一小撮人知道的事情，刚巧，冬月副司令就是那一小撮人。
“另外，还有一些事情需要告诉你。”冬月副司令说到：“这是葛城美里和赤木律子一起提交过来的，葛城美里发现，有不明身份的人主动接触碇真嗣，是年龄相仿的一男一女，一开始，是在碇真嗣前来的火车上，以误会的形式产生接触。”
“在昨天晚上，葛城一尉带着碇真嗣去吃饭，又碰到了对方。”