这让碇真嗣有种莫名的挫败感，心情非常地低落，就连拿出那张请柬，询问一下自己双胞胎兄弟的事情都忘记询问了。
后来圆新二告诉他，这件事最好不要告诉碇源堂，因为他们的父亲，和那个想要毁灭人类的组织是一波人，他们的目的是一致的。
而在第三使徒水天使出现后的第三个星期以后，第四使徒，代号为昼天使的使徒出现了。
它是从远海出现的，卫星检测到了它的动向，比起之前的水天使从海里游过来的，昼天使是贴着海面低空飞过来的。
卫星监控拍摄到的画面中，可以看到它是一种类似于昆虫与软体动物的结合体，让人看上一眼，就会觉得生理性地不适。
在NERV的总部基地内，工作人员敲击着键盘确定着数据反馈：
“波长模式分析鉴定结果为蓝色！是使徒！”
碇源堂立即发布了命令：“全员进入一级战备状态……初号机的驾驶员呢？”
“正在赶来的路上。”作为驾驶员的直属长官，葛城美里说到。
“通知地面部队，对使徒发起进攻，减缓它的前进，撑到初号机驾驶员到来。在黄金黎明那边采取应对之前，初号机必须出动。”碇源堂发布了命令，虽然之前没有让EVA露脸，但按照人类补完委员会下放的权力，NERV有权限调动这些防卫力量。
靠着人类的武器，根本没有击溃使徒的可能，只是为初号机的出战争取时间而已，无数的防空机炮，地对空导弹落在使徒的身上，却是一点作用都没有，甚至连滞缓脚步的作用都没有发挥多少，它很快地就逼近了城市。
刺耳的防空警报响起，第三新东京市的市民们奔跑着就进避难，那些高楼大厦沉入地下，为接下来的战斗腾出战场。
紧赶慢赶的，碇真嗣终于来到了NERV的总部，连口气都没有喘匀实，他就被要求换上战斗服，驾驶初号机出动，而他的父亲一言不发。
经过三个星期的训练，碇真嗣虽然称不上脱胎换骨，但是对于驾驶EVA也有了一些心得，各种程序也是驾轻就熟的，以最短的时间，他坐上了初号机。
“初号机，发射准备！”
随着葛城美里一声令下，初号机正式进入了运行阶段，之前三个星期，碇真嗣其实一直是进行着模拟训练，初号机并没有真正地行动过。
而现在便是实战检验的时候了，限制初号机行动的拘束器打开，运载系统把初号机运输到发射轨道上，通过电梯系统发送到了地面。
伪装成普通大厦的通道闸门打开，初号机缓缓地从中走出，而使徒就在肉眼可见的地方。
初号机发现它的时候，它也发现了初号机。
“很好，真嗣君，就按照训练时候的那样做！”葛城美里大喊到。
“我明白了。”碇真嗣坚定了决心地说到，他抬起了为初号机准备的自动步枪，瞄准了第四使徒，以三连发的精准点射射向了使徒。
但是，昼天使释放的AT力场却挡住了那些子弹，并且，它的反击已经开始了。