真·碇真嗣从噩梦中惊醒。
身份上的联系，让他也窥探到了克隆体的记忆，这些事情他从袁大古提供的情报上了解了一部分，此时从记忆当中，以第一视角更加直观地看到了那一切。
他急忙忙地找到了袁大古：“我看到了，我看到了他的记忆。”
如同某种产品一样，
“我知道，我什么都知道。”袁大古点头说到：“那么，你想怎么做？”
“我想怎么做？”真·碇真嗣有些茫然：“是我想怎么做就可以怎么做吗？”
袁大古一摊手：“那当然，我会尽可能地完成你的想法的。”
“我想要毁掉那个组织，毁掉克隆我的人。”真·碇真嗣握拳说到，言语间充满了少年的热血与正直。
袁大古笑了一声，说到：“当然可以，接下来我会召集全球各国的高层，揭穿SEELE的阴谋，集结整个世界的力量来打败他们——企图毁灭人类的罪魁祸首，自然是要用人类的力量来审判他们。”
……
为了治疗精神污染，碇真嗣被留在了NERV的总部基地里，学校那边葛城美里替他请了假。
进行了一定程度的心理疏导，主要是安抚他的情绪——第一次出击，就被使徒吊起来打，并且最后敌人还是别的机器人给消灭的。
这样的挫败感在NERV的总部内进行蔓延，而对于EVA的驾驶员，是重点关注的。
而在心理疏导之余，药物也是必不可少的。
此时的碇真嗣发现之前那名少女的话应验了，他真的需要吃下大量的药物。
虽然不至于把药当饭吃，但是，那需要吃下的药量，让碇真嗣的饭量都变小了许多。
因为药片当中，占据绝对比例的是淀粉，真正有效的成份是以毫克计的，那一大把的药片下肚，就相当于吃下了一大坨的淀粉块，并且还是压缩过的，食量自然就下降了。
虽然初号机的出动并没有取得理想的战果，加鲁拉的实力全方面地强过EVA，但NERV的人并没有放弃，驾驶员受到了精神污染，初号机也需要检修，二号机还在运输来的过程中，零号机就成为了唯一的希望。
不过比起之前启动失败把驾驶员搞得重伤，在又一次的启动实验中，零号机在绫波丽的操控下成功启动。
而在这个过程中，碇真嗣发现了绫波丽也和自己是一样，需要每天吃下大量的药物，不知道是药物的问题还是别的，绫波丽是没有正常人的进食习惯，除了药物之外，全靠某种营养液来维持生命体态。
碇真嗣见到绫波丽那种样子，都震惊得说不出话了，只觉得这位女同学可怜，而再看一下自己那一小堆的药片，发现自己也挺惨的。
见到端着餐盘，但上面只有很少食物的碇真嗣，绫波丽把她的营养液分给了碇真嗣一袋。
道了谢之后，碇真嗣其实对这营养液是不太感冒的，只有正常的食物下肚，他才感觉自己像个人类一样活着，而不是靠着药物维持的工具。
但盛情难却，被绫波丽看着，他只能去尝试一下了。