所有使徒的目的，都是回归母体，从而诱发冲击，清洁大地。
第三新东京市地下的基地内，存在着第二使徒莉莉丝，它所散发的气息吸引着使徒的到来，所以NERV将第三新东京市打造成了要塞，在黑之月内建造了基地。
而舰队载着二号机与亚当的胚胎出现在第三新东京市周边海域的时候，早已经潜伏在周围的使徒察觉到了属于亚当的气息，它调转了方向，奔着舰队而来。
虽然真正的亚当胚胎已经被带走，但是，袁大古制造的盗版胚胎，也是模拟着亚当的气息，成功地吸引到了使徒。
它以为胚胎就在舰队当中，迫不及待地想要回归。
在舰队到来的时候，NERV派来了负责接受二号机的队伍，其实就是葛城美里带着碇真嗣，还有碇真嗣的两名同班同学，铃原东治和相田剑介。
所有人都以为，这次的接受任务非常安全，因此就没有大张旗鼓了，甚至葛城美里还允许碇真嗣叫上两名同学一起来见见世面——那两个同学也是适格者，只不过没有入选驾驶员罢了。
三个男生还是第一次见到货真价实的军舰，非常地好奇，东瞅西看的，对于军事非常有兴趣的相田剑介更是拿着相机东拍西照的。
而葛城美里则是与舰队的指挥会面，进行文件方面的交接，还有与二号机驾驶员明日香以及加持良治的见面，他们早已经认识了，葛城美里和加持良治还是前男女朋友的关系，倒是能够聊到一起。
明日香看着那边甲板上在大呼小叫的三个男生，一插腰一昂头，带着些不屑地说到：“那边一脸蠢像的家伙，就是初号机的驾驶员，三个使徒，只出动了一次，还是被使徒吊起来打。”
“他是怎么选上驾驶员的，是靠当司令的父亲吗？”
就在葛城美里想要说些什么的时候，警报声响起。
急忙忙赶到指挥室之后，葛城美里听到了一个非常糟糕的消息。
舰队的声纳上，在海底当中，有一个庞然大物正在快速地靠近，它是那样的巨大，就连海面上都出现了巨大的波浪，那是它快速移动所产生的影响。
轰隆。
一艘军舰遭遇了来自水下的袭击，舰船被冲击力顶出了水面，庞大的冲击力和自身的重力，一下子将其拗断，即便是管损都来不及，只能眼睁睁地看着它向下沉默。
“是使徒！”
葛城美里斩钉截铁地说到：“只有使徒才能做到这种事情。”
舰队的指挥立即下达了命令，让舰队发射鱼雷，可是，水下的使徒靠着极快的速度躲过了鱼雷的攻击，要么鱼雷的攻击根本无法突破AT力场的防御。
“你们现在完全是白费力气！”葛城美里喊到：“只有EVA才能够对付使徒！”
“只有？”舰队的指挥看着葛城美里，用反问的语气说到。
当然不是只有，甚至EVA并没有确实地打败过使徒，那完全是黄金黎明的功劳。
“加持，通知二号机那边的机组人员，做好启动的准备！明日香，你去驾驶二号机，进行战斗。”葛城美里没有顺着舰队指挥的话继续说，而是直接下达了命令。