拥有着残缺躯体的莉莉丝被钉在了巨大的十字架上，它的下半身被拿走，作为素材制作成了初号机。
虽然吃下的是智慧果实，但在生命力方面，第二使徒莉莉丝也是非同一般的，伤口出蔓延着一些细小的枝桠，不断有LCL液体流淌而出，那是它自愈的表现，而插在莉莉丝胸口位置的朗基努斯之枪，抑制着莉莉丝的生命反应。
所有的使徒，还有道具，其实并没有属于它们的名字，是人类将典籍中记载的名字套在了他们身上，例如“亚当”，“莉莉丝”。
传说中的朗基努斯之枪，是一名叫做朗基努斯的士兵的长矛，为了验证神之子是否死亡而把长矛刺入神之子的肋下，沾染了神之血，获得了强大的力量。
这把朗基努斯之枪便是套了这个名字，它本质上是生命之树残留根系，对于AT力场还有使徒，是有着上位克制的属性。
原本这把枪是被插在亚当的身上，后来人类贸然的行动唤醒了亚当，其中一项就是从它身上拔出了朗基努斯之枪。
袁大古从机械奥特曼的身上飞下，落到了地面上，然后掏出了一副航天材料做成的钛合金棺材，把碇源堂的尸体丢到了里面，然后整个地被焊死。
那边的机械奥特曼也开始了行动。
初号机身上的装甲被剥离，咣当咣当，紫绿涂装的装甲板一块又一块地掉落在地上，露出其中属于生物的本质来。
那装甲的防护性能是次要，更多的时候是作为拘束器存在，用来限制EVA的性能，毕竟它们是亚当或莉莉丝的复制体。
剥离装甲的初号机被机械奥特曼带着去到了莉莉丝那边，同出一源的它们在接触的一瞬间便开始了融合，恢复成了完整的姿态。
紧接着，机械奥特曼身上的装甲也开始了活动，进行着变形，宛若花骨朵展开了花瓣，红银配色的奥特曼从中走出。
就像之前的机器人，都是拿怪兽进行机械化改造一样，黄金黎明的三号机，其实就是奥特曼穿着一身机械外骨骼装甲，装甲只是起着装饰性的作用，真正发挥作用的，还是在其中的奥特曼。
奥特曼抓住了朗基努斯之枪，把它从莉莉丝身上拔了出来，失去了朗基努斯之枪的抑制，莉莉丝的身体快速地膨胀，紧接着，它被从十字架上取了下来，装进了已经腾空的装甲当中。
装甲一层层地合拢，把莉莉丝拘束在了这其中，完全密封。
而后，奥特曼带着这个包裹离开了地球，飞向了太空。
它将会被发送到另外一个星系的某一颗行星上，距离太阳系最近的一颗恒星是比邻星，那也有4.2光年的距离，以人类现有的航天技术，去该恒星系做客也不知道需要多长时间，更别提更加遥远的星系了。
连同之前被送出去的亚当的胚胎，第一与第二使徒被分管到了不同的星系，虽然它们都是失去了灵魂的存在，但是，足以为那些行星带去生命。
在宇宙的尺度上，生命的诞生才是一个偶然。
有奥特曼攻破了NERV的总部基地之后，当地防卫部门的武装人员杀至，接管了NERV总部的一切，超级计算机MAGI、各种数据资料与物资，还有人员，被登记造册。
经过筛选之后，将会被不同的部门与势力进行瓜分。