三号机事件的余波，如同投入平静湖面的巨石，在NERV内部掀起了经久不息的涟漪。
战后清理工作紧张而有序地进行着。
被力场尖刺贯穿得千疮百孔的二号机，与那台彻底沉寂的黑色三号机，一同被运回了格纳库深处。
跟着，一份来自医疗部门的紧急报告，让指挥室里刚刚松弛下来的空气再度凝固。
报告上的数据冰冷而刺眼：三号机内部的使徒反应，在机体停止活动后，彻底消失了。
但几乎在同一时间，一个完全相同的、高能量的使徒信号，出现在了被救出的驾驶员——明日香的身上。
这个发现让所有人不寒而栗。
赤木律子推了推眼镜，镜片反射着屏幕上复杂的数据流，语气是前所未有的凝重：
“使徒的核心……或者说，它的本质，已经与明日香的生命信息完全融合。
她不再是单纯的被寄生，而是成为了使徒本身。”
最终，在碇源堂的默许下，NERV以最高等级的医疗观察为名，将尚在昏迷中的明日香转移到了位于地下最深处的隔离病房。
那里与其说是病房，不如说是一个用以收容最高级别危险目标的牢笼。
葛城美里站在隔离区的观察窗外，看着玻璃另一侧躺在病床上，身上连接着无数监护仪器的少女，指甲深深掐进了掌心。
她无法接受这个结果，更无法忍受这种被蒙在鼓里，眼睁睁看着孩子们一个个走向深渊的无力感。
她猛地转身，大步流星地离开了压抑的地下设施，她知道，有一个人一定知道答案。
夜色下的第三新东京市，霓虹闪烁，却掩盖不住空气中弥漫的紧张气息。
葛城美里在一个僻静的地下酒吧角落里，找到了正在独自饮酒的加持良治。
她没有多余的废话，直接将一把手枪拍在了桌子上，金属与木头碰撞发出沉闷的声响。
“SEELE的真相，还有EVA与使徒背后的一切……现在，全部告诉我。”
葛城美里的声音不大，却带着不容置疑的决绝，
“我受够了，加持。”
加持良治看着她眼中燃烧的火焰，沉默了许久，最终发出一声长叹。
他知道，这一天迟早会来。
他将杯中的酒一饮而尽，然后将一个芯片交给了葛城美里……
……
与此同时，由十二块黑色石碑构成的虚拟会议室里，SEELE正因明日香的异变而掀起轩然大波。
“一个人类，竟然获得了S2机关？同时具备了智慧果实与生命果实……这等同于……神！”
“不可理喻！如果连如此脆弱的人类都能轻易触及神的领域，那我们一直以来的谋划，我们舍弃肉身所追求的终极进化，又有什么意义！”
“必须立刻处理掉那个女孩！她是不应存在的变数！”
激烈的争论回荡在空旷的空间里，直到议长基路·洛仑兹那低沉的声音响起，才让喧嚣为之一滞。
“诸位，请冷静。”
基路的声音带着一种奇异的安抚力量，
“类似的例子，我们并非没有见过。
无论是承载着莉莉丝灵魂的二号复制人，还是即将苏醒的‘他’，都证明了灵魂与‘果实’的融合是可能的。
明日香的存在只是一个不可复制的奇迹……”
“这个案例的出现，恰恰证明了碇源堂的计划正在偏离我们的轨道。
他似乎总能得到我们意料之外的‘惊喜’。
比起一个被收容的女孩，我们现在更应该关注的，是NERV的动向，以及碇源堂下一步的棋。”
在张启的暗中操控下，基路·洛仑兹巧妙地将众人的恐慌引向了另一个方向。