在十五年前，葛城美里的父亲，便是南极科考队的一名成员，彼时的葛城美里便跟随父亲去往了南极，也是南极地区唯一的幸存者。
“为了阻止SEELE引发第三次冲击，彻底地毁灭这个世界，NERV必须被消灭。”真·碇真嗣对克隆体说到：“对不起了，弟弟，你们如果在NERV的话，就会阻碍我们的行动，EVA出击的话，会带来不必要的阻碍，我不想看到你们受伤。”
“可恶！”那边的明日香稍微恢复了一些，暗骂出声，但是爆肝拳的影响让她只能躺着。
葛城美里死死地盯着加持良治：“你们打算怎么做，突袭NERV的总部吗？然后杀掉所有的人。”
“并不是这样。”加持良治说到：“我们只需要把关键道具破坏掉就可以了，EVA这种禁忌的力量，是不允许存在这个世界上的，它对于人类来说，便是一种诅咒。”
然后，加持良介开始为几人科普，介绍着遥远的历史：“在四十六亿年前，白之月载着第一使徒亚当来到了地球……”
另外一边，袁大古接到了两名驾驶员已经被控制住的信息，然后在一个公共频道当中发出了一条早已编辑好的信息。
在消息发出的下一刻，警报声开始在第三新东京市响起，避难广播的内容与以往不同，让人们撤离第三新东京市的某一区域，而那个位置对应的正是NERV总部基地的所在。
也就是黑之月撞击地球所产生的地下空洞的位置。
撤退时间只给了十分钟。
“没有检测到警报信息，监控卫星未检测到使徒的光谱！”
地下基地内，笼罩在不安红光下的工作人员看着显示器上的内容，惊讶地汇报到。
警报不是他们这边拉响的，是另有其人，但按照他们平日里训练的那样，所有人在自己的岗位上就位。
“通知EVA驾驶员就位。”碇源堂命令到。
但是工作人员汇报到：“联络不上初号机与二号机的驾驶员！”
“葛城一尉呢！”碇源堂问道，葛城美里如今是碇真嗣和明日香的监护人，住也住在一起，联络上她就能找到两名驾驶员。
“葛城一尉同样失联……她今天请假了，理由是，带着两个驾驶员去黄金黎明的基地参观加鲁拉。”工作人员查阅了一下报告，回答到。
碇源堂沉默了一下，几乎是瞬间就明白了：“被摆了一道……”
黄金黎明和SEELE已经斗了很长时间，现在是对方瞅准机会，主动出击的时候了，初号机与二号机的驾驶员，一定在他们的掌控中。
“把初号机准备好，让丽驾驶初号机出击。”碇源堂改变了想法：“把初号机布置在地下都市，准备迎敌。”
如果万一的话……碇源堂摸了摸自己的右手，他将化身为怪物，亲自上场。